דו"ח הביקורת העלה שלוש טענות מרכזיות.

על פי הטענה הראשונה, "פעלה הנהלת משרד התמ"ת... לשינוי תקנון הרשות כדי שתתאפשר לה גמישות רבה יותר במינוי יו"ר לרשות ובהקצאת תקציביה".

הנהלת משרד התמ"ת אכן פעלה לשינוי התקנון וזאת  כדי ליישם את מסקנותיו של דו"ח בדיקה חיצוני, אשר נכתב על ידי יועצת ארגונית בכירה והצביע על ליקויים קשים בפעילות הרשות בתקופות קודמות. מסקנותיה של היועצת הארגונית התוו את הבסיס לפעילותם של היועץ המשפטי של משרד התמ"ת ושל היועץ המשפטי של הרשות לעסקים קטנים בשינוי בתקנון. שינויים אלו באו אך ורק כדי  לייעל את עבודת הרשות ולאפשר בקרה טובה יותר על פעילויותיה, ולא נועדו לקדם כל מטרה אחרת.

על פי הטענה השנייה, "הנהלת משרד התמ"ת הוסיפה משרה של סמנכ"לית ברשות".

מי שיזם את הוספת משרת הסמנכ"לית היה הוועד המנהל של הרשות, אשר דרש זאת מפורשות. לאור העובדה שדרישות הנהלת משרד התמ"ת בנושא הבקרה התקציבית על הרשות נענו, לא ראתה ההנהלה סיבה להתערב בהחלטות ניהוליות מסוג זה, שהיו סבירות והגיוניות.

על פי הטענה השלישית, שכרה הרשות לעסקים קטנים שלושה פרויקטורים בתהליך לא תקין.

להנהלת משרד התמ"ת לא הייתה מעורבות בתהליך שכירת שלושת הפרויקטורים, למעט חוות דעת שהתבקש למסור מנכ"ל המשרד על מר שמעון משה. חוות הדעת הסתמכה על פעילותו של מר שמעון משה להקמת מרכז תעסוקה למוגבלים בקריית מלאכי, כאשר ראוי לציין, שחוות דעת דומה נתן גם מנכ"ל הג'וינט.