א. בפתח הישיבה, אמר ראש הממשלה דברים לזכרה של המשוררת נעמי שמר זכרונה לברכה, אשר הלכה לעולמה. ראש הממשלה אמר:
"לחוף הכנרת, בין דשא לאבן, ברחש האקליפטוס וריח המלוח מובאת היום נעמי שמר למנוחות.
נפלאתה אהבתה של נעמי לארץ ישראל. לטבע שלה, לנופיה, לאנשיה. היא הכירה את הצומח והעוף, את הקבוע והנודד, את הישן ואת בן החלוף. היא הצליחה במלל ובמנגינות נפלאות לחבר אותנו אל שורשינו, אל מקורותינו, לחבר אותנו אל ראשית הציונות ולהדביק אותנו בנכונות האהבה למכורתנו.
נעמי הפגישה אותנו עם פריחת השקד. צחור החבצלת, גפן הבוסתן ושדה התלתן. עם חן החיזור, השובבות והעדנה; עם האהבה. עם חמדת הקיץ, צבעי השלכת והחמסינים במשלט. עם עייפות החיילים, ארבעת הבנים, עם הגעגועים לתרבות, לערכים ולשלום. עם ריח המדבר ונאדרות המכתשים, הלילות המפרכים והארוכים, עם החושך ועם הערפל האדמדם; עם משק הרוח, החוף והים; עם כיפת הסלע, דרכי העפר והעיר הלבנה. עם אורני ירושלים, אוויר ההרים הצלול והגעגועים לשלומה. עם הלב הנשבר -  כי שנינו מאותו הכפר. שניהם מאותו הכפר, שניהם בשר מבשרנו, עצם מעצמנו, חלק מנפשנו.
את כל אלה פגשנו בשיריה ופגשנו בה. נעמי שרה להם ועליהם בעדנה ובאהבה, והנציחה את יופיה של הארץ ועתיקותה רבת ההוד, במילה ובצליל, וחתמה אותן בתודעתנו כנשיקת שרף. העברית הנפלאה, הכישרון העצום והמבורך, האהבה הגדולה, יכולת הראייה והחן, הפכו לנכס לאומי תרבותי שלנו ושל מדינת ישראל. היום כשאנו נפרדים מנעמי שמר, אנו מרכינים ראש על צער הפרידה ומודים על המתת הנפלאה אשר נעמי העניקה לנו. יהי זכרה ברוך."
שרת החינוך, התרבות והספורט אמרה את הדברים הבאים לזכרה של נעמי שמר:
"נעמי שמר, כלת פרס ישראל, מלכת הזמר העברי, שהלכה מאיתנו באמצע התמוז, וגם ניבאה זאת כשכתבה: 'ואני אמות באמצע התמוז'. נעמי שמר ביקשה בצוואתה שלא ינשאו הספדים על קברה. בחרתי, אפוא, לקרוא בית אחד משיר אופטימי אחד, מתוך למעלה מאלף שירים שהשאירה לנו ולדורות רבים אחרינו:
'כיבוי אורות
1.ולפעמים
החגיגה נגמרת
כיבוי אורות
החצוצרה אומרת
שלום לכינורות
אשמורת תיכונה נושקת לשלישית –
לקום מחר בבוקר ולהתחיל מבראשית.
לקום מחר בבוקר עם שיר חדש בלב.
לשיר אותו בכוח, לשיר אותו בכאב.
לשמוע חלילים ברוח החופשית
ולהתחיל מבראשית'.
אתמול כבה אור גדול, יהיה זכרה ברוך".
ב. ראש הממשלה ציין לשבח את הישגיהם של לוחמי הצנחנים אתמול בשכם -באומרו, כי היה זה הישג ייחודי בפוגעם בצמרת הטרור של שכם. ראש הממשלה ציין בדבריו, כי אמש השיגו הצנחנים הישג מרשים במאבק הנמשך נגד הטרור הפלסטיני. זה היה נדבך נוסף בגל ההצלחות המיוחדות של כוחות הבטחון בתקופה האחרונה. עוד אמר ראש הממשלה, כי אמש שוחח עם הרמטכ"ל, עם אלוף הפיקוד, עם מפקד האוגדה ומפקד החטיבה - והודה להם על הפעולה המוצלחת. ראש הממשלה הודה בשמו ובשם הממשלה לצה"ל ולשירות הבטחון הכללי על הישג זה, וביקש משר הבטחון להעביר ברכות אלה לנוגעים בדבר.
ג. ראש הממשלה התייחס להחלטות בית הנבחרים והסנאט של ארצות הברית אשר ברוב מכריע אימצו ואישרו את עקרונות מכתבו של הנשיא בוש אל ראש הממשלה מיום 14.4.2004. ראש הממשלה ציין, כי זהו הישג מדיני משמעותי ביותר וביטוי חסר תקדים לעומק היחסים, הידידות, התמיכה וההבנה של ארצות-הברית לישראל - הן בממשל והן בקונגרס על שתי מפלגותיו. ארצות-הברית מביעה תמיכה חד משמעית במדיניות ישראל, בזכותה להגנה עצמית ובמלחמתה נגד הטרור, כולל ההכרח לפעול נגד הטרור ולפרק את תשתיותיו, לשמר את כוח ההרתעה נגד כל איום בכל מקום, והכרה בזכותה של ישראל לגבולות מוכרים, בטוחים ובני הגנה.
ארצות הברית תומכת בעמדת ישראל בשתי סוגיות קריטיות שיעצבו את הסדר הקבע בינינו לבין הפלסטינים, ומציינת כי:
• עקב המציאות שנותרה בשטח, כולל מרכזי ההתיישבות הישראלים הגדולים בשטח, לא תהיה חזרה לקווי שביתת הנשק מ-1949.
• לא תהיה חזרה של פליטים פלסטינים לישראל ופתרון סוגיית הפליטים יהיה דרך הקמתה של מדינה פלסטינית ויישוב הפליטים הפלסטינים בה ולא בישראל.
מחויבויות אלה, של כלל המערכת האמריקאית לישראל, הן הישגים מדיניים חסרי תקדים, המהווים תרומה חשובה לביטחונה של ישראל ולשמירת אופייה כמדינה יהודית ואנו, כולנו, צריכים להתברך על כך.
ד. ראש הממשלה ברך את  השר לבטחון הפנים, צחי הנגבי, ואת רעייתו, לרגל הולדת בנם הרביעי.
ה. הממשלה שמעה בישיבתה היום סקירות בסוגיית העם היהודי בשנת 2004, שהוכנו על ידי המכון לתכנון מדיניות העם היהודי. סקרו את הנושא בפני הממשלה האדונים דניס רוס ואבינועם בר-יוסף והפרופסורים יחזקאל דרור וסרג'יו דלה פרגולה. בדיון שנערך בעקבות הסקירות השתתף גם יושב ראש ההנהלה הציונית והסוכנות היהודית, סלי מרידור. בדברי הסיכום הודה ראש הממשלה לשגריר דניס רוס, לעומדים בראש המכון, ולחוקרים שעסקו במלאכה המקורית והחשובה לעם היהודי כולו. ראש הממשלה הדגיש בדבריו כי פרוייקט זה כולל נתונים מפורטים על מצב העם היהודי בישראל ובתפוצות, כמו גם שורה של המלצות והצעות לגיבוש סדר יום אסטרטגי חדש לעם היהודי - שיתאים למצבים ולאתגרים שבפניהם ניצב עם ישראל בשנות ה-2000.
בדבריו הדגיש ראש הממשלה, כי ישראל אחראית לגורלו של העם היהודי בעולם כולו, וכי לחיות כיהודי ניתן אך ורק בישראל; העליה לישראל הינה היעד הראשי של המדינה והיא תקבע את עתידה המדיני, הבטחוני והכלכלי, כמו גם את עתידו של העם היהודי. עוד אמר ראש הממשלה, כי הממשלה ככלל עוסקת בעיקר בנושאים שוטפים משום שהבעיות רבות ויומיומיות - אולם הכרחי לעסוק גם בחזון - איך ייראו העם היהודי ומדינת ישראל בעוד 30 שנה ובעוד 300 שנה. בתפוצות, החינוך (של ילדי ישראל) חייב להיות יהודי-ציוני במקביל לחינוך הכללי. חייבים ללמוד עברית, תנ"ך, הסטוריה של עם ישראל, הסטוריה של ארץ ישראל ורצף החיים היהודיים בארץ ישראל.
ראש הממשלה סיים את דבריו באומרו כי ישראל הוקמה להיות מדינתו של העם היהודי כולו, ועל כולנו מוטלת האחריות על עתידו של העם היהודי בישראל ובתפוצות.
ו. הממשלה מינתה את השר לתשתיות לאומיות לתפקיד יושב ראש ועדת השרים לעניין היערכות לטיפול ברעידות אדמה.
ז. הממשלה החליטה לאשר את מינויו, על-ידי שר הפנים, של מר שמעון רומח לתפקיד נציב ומפקח כבאות והצלה במשרד הפנים.
ח. הממשלה החליטה לאשר את עקרונות התיקון המוצע לחוק סדר הדין הפלילי (תיקון 33)(הוראת  שעה), התשס"א-2001 (להלן: הוראת שעה) שנועד להאריך ב-5 שנים נוספות את ההוראות הנוגעות ישירות לסמכותו של פרקליט המדינה להעביר חומר חקירה בעבירת פשע לטיפולו של תובע מוסמך במשטרה ואילו שאר התיקונים שנעשו בחוק סדר הדין הפלילי (תיקון מס' 33)(הוראת שעה), התשס"א-2001 יהיו תיקונים קבועים לחוק סדר הדין הפלילי [נוסח משולב], התשמ"ב-1982.
כמו כן, הסמיכה הממשלה את ועדת השרים לענייני חקיקה לאשר על דעתה את נוסח התיקון המוצע אשר יוגש מיד לכנסת.
ט. הממשלה הסמיכה את ועדת השרים לענייני חקיקה לדון ולאשר את הצעת חוק סדר הדין הפלילי (סמכויות אכיפה - חיפוש בגוף החשוד)(תיקון מס')(נטילת אמצעי זיהוי ומאגר נתוני זיהוי), התשס"ד-2004, ולהעבירה מייד לכנסת. עיקר מטרתה של הצעת החוק הוא להסדיר את סמכות משטרת ישראל ליטול מחשוד, מנאשם, או ממורשע, אמצעי זיהוי שהם טביעות אצבעות, דגימות ביולוגיות ותצלום לשם הפקת נתוני זיהוי מאמצעים אלו - אשר ייאגרו במאגרי נתוני זיהוי שינוהל במשטרה. הסמכויות המעוגנות בהצעות החוק ובעיקר הקמתו של המאגר לפי החוק המוצע נועדו לתת בידי המשטרה כלי חשוב ביותר שיסייע בידה בביצוע תפקידה על-ידי שימוש בטכנולוגיות מדעיות, אמינות ומוכחות המוכרות בעולם לתכליות מוכרות שעיקרן - קיום חקירות והליכים פליליים, מניעה וסיכול עבירות ולצורך זיהוי אלמונים.
י. שר הבטחון סקר עניינים בטחוניים שוטפים, בציינו את המשך מגמת הירידה במפלס הטרור, אשר לא נולדה מעצמה, אלא היא פרי המאמץ האינטנסיבי הנחוש והרצוף של מערכת הבטחון שעיקרו לחץ רצוף על מוקדי הטרור, בדגש על מעצרים וסיכולים; פגיעה בגורמי ההנהגה, במוקדי הידע של הטרור; האפקט המצטבר של גדר הבטחון. שר הבטחון הדגיש בסקירתו כי אסור לישראל לנוח וחיוני להמשיך ולקיים את הלחץ הרצוף והמערכתי מול מוקדי הטרור והגורמים המזינים אותם.
שר הבטחון מסר עוד כי סוכם על הקמתה של ועדה בטחונית בילטרלית אשר תדון במכלול הסוגיות הנוגעות למעורבותה הבטחונית של מצרים באזח"ע ומול אזח"ע; ובתוך מערכת הבטחון הואצה עבודת המטה המתייחסת להינתקות.
שר הבטחון התייחס גם למצב בגבול הצפון, שם שוב פרצה מתיחות עקב פעולת ההתגרות של החיזבאללה.
שר הבטחון הודיע לממשלה כי לאחר עבודת מטה ארוכה ויסודית במערכת הבטחון סוכם לחלק כדורי "לוגול" לאוכלוסייה באזורים הסמוכים לכורי המחקר הגרעיניים. טבליות "הלוגול" מכילות יוד והן נועדו להעניק הגנה לגוף מפני יוד רדיואקטיבי העלול להשתחרר בעת פגיעה בכור. שר הבטחון הדגיש כי הצטיידות בטבליות "לוגול" מקובלת בעולם. במדינות רבות כדוגמת אירלנד, פינלנד, שוויץ, צ'כיה ומדינות בארצות הברית הוחלט על שיפור זמינות הטבליות לאוכלוסיה. חלוקת הכדורים תבוצע בחודשיים הקרובים באופן מדורג על ידי פיקוד העורף באמצעות צוותים שיעברו מבית לבית בשעות הערב. החלוקה תלווה בהסברה מתאימה לאוכלוסיה ולתקשורת - תוך תיאום עם הרשויות הנוגעות בדבר.
שר הבטחון הדגיש, כי ההחלטה לחלק את כדורי "הלוגול" אינה משקפת בשום אופן חשש מפני מצבם הבטיחותי של הכורים בישראל. הכורים במדינת ישראל בטוחים ומוגנים היטב והסיכויים לפגיעה או לתקלה בהם נמוכים ביותר, ורשויות החירום ערוכות לטפל בכך.
ראש הממשלה הנחה את מערכת הבטחון להתחיל לאלתר בהסברה בסוגייה זו.
יא. שר החוץ סקר עניינים מדיניים שוטפים, תוך התייחסות להחלטה שהתקבלה בקונגרס של ארצות הברית על שני בתיו בעניין מכתבו של נשיא ארצות הברית לראש הממשלה. עוד ציין שר החוץ כי מיום קבלת תכנית ההינתקות על ידי ממשלת ישראל, ממהרת הקהיליה הבינלאומית לחבק את התכנית, וכי ישראל שוקדת לתעל את התמיכה הבינלאומית לתחומים הרצויים לה על-פי העקרונות של הובלה אמריקנית בתחום הבטחוני, הגברת התיאום עם מצרים וירדן בתחום הכלכלי ווההומניטרי, והגברת שיתוף הפעולה עם קהיליית התורמים.
עוד סקר שר החוץ את פגישתו עם ראש המודיעין של מצרים אשר פרט לפניו את הרפורמה הביטחונית שהציג בפני ערפאת ואת לוחות הזמנים.
כמו כן, התייחס שר החוץ לבית הדין הבינלאומי בהאג שעומד לפרסם ב-9.7.2004 את חוות דעתו בעניין בניית הגדר; ולסמינר בנושא האנטישמיות שנערך באו"ם.
יב. ראש הממשלה התייחס לנושא שירותי הדת והמועצות הדתיות בציינו כי נושאים אלה מצויים בסדר עדיפות גבוה בפעילות של משרד ראש הממשלה. עוד אמר ראש הממשלה כי בחודשים האחרונים מתבצעת פעילות אינטנסיבית ובניית תוכנית אב למתן שירותי דת, עבודה שלא נעשתה כמוה תקופה ארוכה. למרות זאת, תוך מודעות ודחיפות הענין בשל רגישות הטיפול באלפי עובדי המועצות הדתיות ובחשיבות השירותים, הנחה ראש הממשלה, בסוף השבוע שעבר, כפי שהצהיר מעל במת הכנסת, את מנכ"ל משרדו למצוא פתרון לבעיות הדחופות, כולל העברה מיידית של משאבים להקלת המצוקה. מנכ"ל משרד ראש הממשלה סיכם עם משרד האוצר כבר בסוף השבוע על העברה מיידית של 26 מליון ₪ לטובת ההבראה במועצות הדתיות. כספים אלה ישמשו לתכניות  הבראה ולתשלום שכר לעובדי המועצות הדתיות ולתשלום לספקים ונותני שירותים.