האגף לתכנון מדיניות פועל לחיזוק יכולות תכנון המדיניות, המדידה והבקרה בתוך משרדי הממשלה במספר אפיקים: הקמתם והעצמתם של אגפי מדיניות משרדיים, חיזוקו וקיומו של פורום גורמי תכנון מרכזיים במשרדים ושילוב חברות מייעצות לפרק זמן מוגדר לצורך הטמעת תהליכים.

הקמתם והעצמתם של אגפי מדיניות
בשיתוף נציבות שירות המדינה וגורמים נוספים, מקדם האגף את התנאים הנדרשים להקמתם ולהעצמתם של אגפי מדיניות משרדיים. מספר משרדי ממשלה, ביניהם החינוך, המשפטים, הפנים והחוץ כבר החלו בתהליך להקמת אגפים שכאלה, אשר ישתלבו במכלול השינויים שתפסו תאוצה בשנים האחרונות, ובפרט ב"מעגל התכנון השנתי" ובהצמדת מדדים להחלטות הממשלה.
במסגרת עבודת המטה, הוגדרו ונדונו מתחים אחדים המאפיינים אגפי מדיניות, גובשה תפיסת הקמה שנועדה להבטיח עצמאות משרדית מצד אחד ומחויבות כלל-ממשלתית למהלך מצד אחר ונבחנו בסיוע "מכון ראות" היבטים מסוימים בפעילותם של אגפי מדיניות בממשלות בעולם.
נציבות שירות המדינה מקיימת בימים אלה הליך היוועצות עם משרדי הממשלה בנושא, לאחר שהביעה תמיכתה בהקמת אגפי מדיניות. ביוני 2008, קיים האגף בשיתוף מכון שאשא באוניברסיטה העברית דיון בהשתתפות אנשי אקדמיה, מומחים ובעלי תפקידים ביצועיים בממשלה, ובו הוצגו לדיון חלקים מהעבודה שנעשתה באגף. בספטמבר 2008 נערך דיון מנכ"לים סביב היכולת להבטיח הצלחתם של אגפי מדיניות בממשלה.

מכרז חברות ייעוץ לליווי התהליך
מינהל הרכש הממשלתי ביחידת החשב הכללי והאגף לתכנון מדיניות הובילו לגיבושו של מכרז כלל ממשלתי שיחזק גם הוא את יכולותיהם של אגפי המדיניות במשרדי הממשלה, כחלק מהמהלך להטמעת תרבות ותהליכי עבודה של תכנון, מדידה ובקרה. במסגרת המכרז, נבנה מאגר של שמונה חברות מייעצות הפועלות בממשלה על פי שיטת עבודה ומילון מושגים אחיד ומעמידות את שירותיהן לרשות גופי הממשלה המעוניינים בכך. לאחר השלב הראשון, בו נבחרו שמונה חברות, יכולים מנכ"לי משרדים, תאגידים, חברות ממשלתיות ויחידות סמך להיכנס לתהליך מהיר יחסית, שבסופו יבחרו חברה מייעצת על בסיס הצעה מותאמת שתוגש להם. קטלוג חברות הייעוץ, כמו גם נוהל ההתקשרות שפרסם מינהל הרכש, הופצו לכלל הגורמים הרלוונטיים. 
יודגש שחברת הייעוץ נועדה לסייע לגורמי המטה במשרד בהטמעת התהליך ולא להחליף אותם או לעסוק בשאלות מקצועיות מעולם המדיניות המשרדי. היא תועסק לפרק זמן מוגבל של עד שלוש שנים, ובחלק מהמקרים, יסייע משרד ראש הממשלה למשרדים במימונה.

פורום גורמי תכנון במשרדי הממשלה
בשנתיים האחרונות, במסגרת העבודה מול משרדי הממשלה, התגבש גם פורום של גורמי תכנון מרכזיים במשרדים, אשר חבריו מהווים שותפים מלאים לעבודות האגף בתחומי הממשל. במקביל למפגשים הקבוצתיים, האגף מקיים עם חלק גדול מהמשתתפים בפורום קשרי עבודה על בסיס קבוע. הפורום מתכנס אחת לכמה חודשים, ומפגשיו מיועדים להצגה והדרכה ביחס להיבטים שונים של מעגל התכנון והתקצוב השנתי או להיוועצות ביחס למהלכים שמגבש האגף ויש בהם כדי לסייע ולהשפיע על עבודת המשרדים. במסגרת זו, שותף הפורום בכלל המהלכים שמקדם האגף בתחום עבודת הממשלה.