האגף לתכנון מדיניות מרכז כיום את עבודת המטה בכל הקשור למדיניות ראש הממשלה ביחס למגזר הערבי. במסגרת זו, הוביל האגף את ועידת ראש הממשלה למגזר הערבי, אשר נערכה ביולי 2008 לאחר עבודה משותפת לממשלה ולנציגות המגזר, הביא להקמתה של הרשות לפיתוח כלכלי למגזר הערבי, הדרוזי והצ'רקסי והיה שותף משמעותי בגיבוש החלטות הממשלה פתרון בעיית הקרקעות של הפזורה הבדווית בנגב.


ועידת ראש הממשלה למגזר הערבי, יולי 2008, צילום: לע"מ

יסודה וקיומה של ועידת ראש הממשלה למגזר הערבי בישראל
במאי 2007  נפגש ראש הממשלה, ביוזמת המכון הישראלי לדמוקרטיה, עם מומחים ואנשי ציבור העוסקים במגזר הערבי. במסגרת המפגש, השתתף ראש הממשלה במהלך יום שלם בקבוצות עבודה משותפות, אשר יחדיו ניסו לגבש מודל לשילוב מוצלח של ערביי ישראל בחברה הישראלית. היה זה מפגש ראשון מסוגו, שעסק בלמידה יסודית של הנושאים מתוך רצון למצוא להם פתרונות.

בהמשך ליום העיון, קבע ראש הממשלה כי במהלך השנה תגובשנה תוכניות משותפות לממשלה ולנציגות מקצועית של המגזר, ושאלו תוצגנה לציבור במסגרת של ועידה. התוכניות שגובשו עסקו בשלושה נושאים שזוהו כבעלי משמעות אסטרטגית למגזר הערבי – הכלכלה, החינוך ומערך השלטון המקומי. בסיכומו של תהליך, התקיימה ביולי 2008 ועידת ראש הממשלה השנייה למגזר הערבי, אותה אירחה העיר חיפה.

בהתאם לתפיסת מנכ"ל משרד ראש הממשלה, הוביל האגף לתכנון מדיניות את הקמתה של ועדת היגוי משותפת לקראת הועידה, בה נטלו חלק יו"ר ועד ראשי הרשויות הערביות, ראשי ערים מובילים במגזר הערבי והמכון לדמוקרטיה. באירוע עצמו השתתפו כ-250 איש, בהם שרים, מנכ"לי משרדים, פקידים בכירים וגורמים מרכזיים בציבור הערבי. בתהליכי הכנתה היו מעורבים משרדי האוצר, התמ"ת, הפנים והחינוך.

בנאומו המסכם בועידה, התווה ראש הממשלה את קווי מדיניותו ביחס למגזר הערבי בישראל, בראשם הצורך במדיניות של שילוב ושוויון (בניגוד לסדר הנהוג של שוויון ושילוב), לאור ההבנה שרק שילוב בחברה הישראלית, ובעיקר בכלכלה הישראלית, יביא לשוויון של ממש.
 
תכנון והקמת הרשות לפיתוח כלכלי למגזר הערבי, הדרוזי והצ'רקסי
האגף גיבש את החלטת הממשלה מפברואר 2007 על הקמתה של רשות לפיתוח כלכלי במגזר המיעוטים, שייעודה להביא למיצוי הפוטנציאל הכלכלי של המגזר, באמצעות עידוד פעילות כלכלית יצרנית ועסקית בתוכו והגברת שילובו בכלכלה הלאומית. בימים אלה נמצאת הרשות בתהליכי הקמה, במקביל לעיגונה בחקיקה, כך שתהיה חלק מהחלטות המתקבלות ברשות המבצעת הנוגעות למגזר המיעוטים.

לצד הרשות פועלת מועצה מייעצת, בראשותו של מר דב לאוטמן, אשר מחצית מחבריה הם אנשי עסקים או מומחים מהמגזר הערבי. תפקידה של המועצה הוא לייעץ למנהל בנושאים הנוגעים למדיניות ולגיבוש יעדים ומטרות למנהל הרשות מונה מר איימן סייף, בן 39, אשר עבד כמנהל תחום בכיר באגף הכלכלי במשרד ראש הממשלה החל משנת 1996.
 
תכנון והנעת המהלך לפיתרון בעיית הקרקעות של הפזורה הבדואית בנגב
האגף עסק החל משנת 2003 בסוגיית הבדואים בנגב ולניירות המדיניות שלו היה משקל משמעותי בתהליך שהוביל שר השיכון והבינוי דאז, מר מאיר שטרית. בין היתר, היה האגף שותף משמעותי בגיבוש החלטת הממשלה מיולי 2007, שהביאה להקמת הרשות להסדרת התיישבות הבדואים בנגב, תוך איחוד פונקציות המטפלות בפזורה הבדואית ומניעת כפילויות.

על האגף הוטל, יחד עם משרד השיכון והבינוי, להביא להקמת ועדה ציבורית משותפת לממשלה ולנציגות הבדואית, אשר תמליץ על כללים  להסדרת ההתיישבות  הבדואית בנגב לרבות גובה  הפיצויים, הסדרים  להקצאת קרקע חלופית, אכיפה אזרחית ולוחות זמנים לביצוע. לאחר עבודת מטה של האגף, אישרה הממשלה את כינונה של ועדה בראשות השופט העליון (בדימוס) אליעזר גולדברג, המורכבת מנציגי הבדואים, נציגי ציבור ונציגי הממשלה.